Dikutip dari sejarah Cilacap bahwa wilayah cilacap timur dikuasai oleh Ki Gede Ayah dan Ki Ageng Donan dibawah kekuasaan Kerajaan Majapahit, Menurut Husein Djayadiningrat Kerajaan Hindu Pakuan Pajajaran setelah diserang oleh kerajaan Islam Banten dan Cirebon jatuh pada tahun 1579, sehingga bagian timur Kerajaan Pakuan Pajajaran diserahkan kepada Kerajaan Cirebon. Oleh karena itu seluruh wilayah cikal-bakal Kabupaten Cilacap di sebelah timur dibawah kekuasaan Kerajaan Islam Pajang dan sebelah barat diserahkan kepada Kerajaan Cirebon. 

Desa Jati dulu adalah sebuah hutan dan Rawa yang banyak ditumbuhi Pohon Jati sehingga daerah tersebut diberi nama JATI sampai saat ini.

Pada tanggal 17-10-1947 di Desa Jati pernah terjadi pertempuran antara TRI (Tentara Republik Indonesia) dan Pemuda pejuang melawan pasukan tentara Belanda yang dipimpin oleh Danton Darmin/Bowo Suharto.

Desa Jati terdiri dari 2 Dusun, 7 RW dan 17 RT dengan luas wilayah 291.664 Ha